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按照條約規(guī)定，洋商販運洋貨入內地銷售或從內地收購土貨出口，均享有免于繳納沿途貨物通過稅厘金的優(yōu)待。洋貨無論自任一口岸進口，在繳納進口稅和子口稅（數額為條約關稅率的一半）之后，即可將貨物運往內陸任何地區(qū)，沿途不再繳納任何費用。與此相應，出口土貨只需在繳納子口稅后即可將貨物由內陸任何地區(qū)運往口岸，沿途不再納稅。（但鴉片不得以子口稅單或其他證件免稅運往內陸）鑒于在內地包括除口岸以外的其他所有地區(qū)，厘金關卡遍布于主要運輸線上，子口稅制度對洋商而言獲益匪淺。利用子口稅單舞弊的行為很快出現，例如以子口稅單為護符進行內貿生意，或者干脆出售子口稅單。19世紀60年代，中國海關制定了一套稅單制度，包括免稅、退稅等，分別適用于征收、（在特殊條件下）返還子口稅，對子口稅和厘金各自適用的貨物加以區(qū)分。子口稅制度一直沿用到1930年。
（6）內河貿易
最后，隨著1858年對長江航運外輪開放，并增開三個沿江口岸為商埠，監(jiān)管沿長江的航運和貿易也落人海關的職責范圍（見框1和框2）。如何恰如其分地勝任這一職能關系重大，因為其中存在很多向沿江太平軍提供軍火的非法貿易，以及與非通商口岸進行的非法貿易。開放沿江口岸也招來所在省份地方政府的反對，因為這些省份對內陸轉運稅的依賴性很大；而中國海關u2014u2014僅負責管理通商口岸的對外貿易，當然也包括這些沿江口岸的對外貿易u2014u2014卻是一個隸屬于中央政府的機構，地方政府無法對其施加影響。為了既能執(zhí)行條約關稅率、管理貿易，又能解決省級政府因此而產生的稅收流失，中國海關制定了《長江貿易章程》（1863年生效）。該章程對駛入長江的海輪和只進行沿江貿易的內河船只分別做出了規(guī)定。后續(xù)的條約增開了新的沿江商埠以及外籍船只可以裝卸貨物、上下乘客的u201c駐泊地u201d。鑒于駐泊地屬不對外開放的內地，任何在此裝卸的貨物均需依照條約關稅率繳納厘金或子口稅。而在口岸，乘客在只有未攜帶任何應納稅貨物的前提下才能自由上下船。