特殊航空器是指中、外各國(guó)國(guó)家元首乘坐的座機(jī)，各國(guó)重要代表團(tuán)乘座的專(zhuān)機(jī)、包機(jī)，作為軍用及特殊物品運(yùn)輸?shù)暮娇掌?，停留時(shí)間短（一般停留1小時(shí)左右）的過(guò)境航空器。
1．一般情況。在正常無(wú)疫情的情況下，可給予方便、禮遇，或由接待部門(mén)辦理入出境手續(xù)，予以放行；如果發(fā)現(xiàn)檢疫傳染病的染疫人或染疫嫌疑人，處理方法同一般航空器。
2．過(guò)境航空器。對(duì)停留時(shí)間較短的過(guò)境航空器，其旅客和員工如不離開(kāi)航空港的候機(jī)大廳，可以不再進(jìn)行衛(wèi)生檢疫手續(xù)；對(duì)來(lái)自境外疫區(qū)或者機(jī)上有染疫人、染疫嫌疑人或一般性病人時(shí)，按照規(guī)定實(shí)施入境衛(wèi)生檢疫和必要的衛(wèi)生處理。
3．軍用航空器。軍用航空器一般需實(shí)施檢疫，但國(guó)家軍事領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)有特殊要求的，則由接待單位與國(guó)家檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)共同協(xié)商，參照專(zhuān)機(jī)的衛(wèi)生檢疫程序執(zhí)行。
4．特殊人員的衛(wèi)生檢疫。
①政治身份很高的人士按國(guó)際慣例沒(méi)有免驗(yàn)待遇，但可以禮遇，手續(xù)由陪同辦理，但檢疫人員應(yīng)在崗進(jìn)行健康診察，遇需衛(wèi)生處理者，應(yīng)與有關(guān)接待部門(mén)協(xié)商，請(qǐng)示報(bào)告妥善安排。
②專(zhuān)業(yè)團(tuán)體包括文藝體育代表團(tuán)、軍事、專(zhuān)家技術(shù)代表團(tuán)等，可由先行人員事先聯(lián)系，辦理集體健康申報(bào)，檢疫人員在入出境通道進(jìn)行健康觀察。
③對(duì)于帶有政治、法律因素的人員，如被引渡者、犯人等，應(yīng)采取不同形式完成檢疫任務(wù)。