保稅貨物通關(guān)的基本程序包括四個環(huán)節(jié)：合同備案－進口貨物－ －復(fù)運出口－核銷結(jié)案。

1合同登記備案。

是指經(jīng)營保稅貨物的單位持有關(guān)批件、對外簽約的合同及其他有關(guān)單證，向主管海關(guān)申請辦理合同登記備案手續(xù)，海關(guān)核準(zhǔn)后，簽發(fā)有關(guān)登記手冊。合同登記備案是向海關(guān)辦理的第一個手續(xù)，須在保稅貨物進口前辦妥，它是保稅業(yè)務(wù)的開始，也是經(jīng)營者與海關(guān)建立承擔(dān)法律責(zé)任和履行監(jiān)管職責(zé)的法律關(guān)系的起點。

2 進口貨物。

是指已在海關(guān)辦理合同登記備案的保稅貨物實際進境時，經(jīng)營單位或其代理人應(yīng)持海關(guān)核發(fā)的該批保稅貨物的《登記手冊》及其他單證，向進境地海關(guān)申報，辦理進口手續(xù)。

3 儲存或加工后復(fù)運出口。

是指保稅貨物進境后，應(yīng)儲于海關(guān)指定的場所或交付給海關(guān)核準(zhǔn)的加工生產(chǎn)企業(yè)進行加工制造。在儲存期滿或加工產(chǎn)品后再復(fù)運出境。經(jīng)營單位或其代理人應(yīng)持該批保稅貨物的《登記手冊》及其他單證，向出境地海關(guān)申報辦理出口手續(xù)。

4 核銷結(jié)案。

是指在備案合同期滿或加工產(chǎn)品出口后的一定期限內(nèi)，經(jīng)營單位應(yīng)持有關(guān)加工貿(mào)易登記手冊、進出口貨物報關(guān)單及其他有關(guān)資料，向合同備案海關(guān)辦理核銷手續(xù)，海關(guān)對保稅貨物的進口、儲存、加工、使用和出口情況進行核實并確定最終征免稅意見后，對該備案合同予以核銷結(jié)案。這一環(huán)節(jié)是保稅貨物整個通關(guān)程序的終點，意味著海關(guān)與經(jīng)營單位之間的監(jiān)管法律關(guān)系的最終解除。